凝膠凈化色譜是凝膠滲透色譜主要應用的一種，是樣品前處理的一種方法。

凝膠凈化色譜是一種以惰性多孔凝膠為固定相，基于尺寸排阻原理，主要依據分子尺寸大小差異使物質(zhì)分離的一種高效液相色譜方法。

一個(gè)含有各種分子的樣品溶液緩慢地流經(jīng)凝膠色譜柱時(shí)，各分子在柱內同時(shí)進(jìn)行著(zhù)兩種不同的運動(dòng):垂直向下的移動(dòng)和無(wú)定向的擴散運動(dòng)。

大分子物質(zhì)由于直徑較大，不易進(jìn)入凝膠顆粒的微孔，而只能分布顆粒之間，所以在洗脫時(shí)向下移動(dòng)的速度較快。

小分子物質(zhì)除了可在凝膠顆粒間隙中擴散外，還可以進(jìn)入凝膠顆粒的微孔中，即進(jìn)入凝膠相內，在向下移動(dòng)的過(guò)程中，從一個(gè)凝膠內擴散到顆粒間隙后再進(jìn)入另一凝膠顆粒，如此不斷地進(jìn)入和擴散，小分子物質(zhì)的下移速度落后于大分子物質(zhì)，從而使樣品中分子大的先流出色譜柱，中等分子的后流出，分子更小的更后流出。

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